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中医阴阳是一个大概念，而且是个系统性的概念，可分为阴系统概念和阳系统概念。中医在划分这两个系统概念的时候，隐隐约约有一条主线。凡是与人体解剖生理系统对应的、相关的都可以阴名之，凡是与人体藏象生理系统对应的、相关的都可以阳名之。
按照这条线索，我们再回头看中医纷乱的“阴阳”，它们似乎也变得好理解了。
第一、从生命的结构上来划分。每个人都是由解剖生理系统和藏象生命系统组合成的“共生体”，故“人生有形，不离阴阳。”
解剖生理系统是有形的，即为可证的，而藏象系统则是无形的不可证的。《内经》将有形的解剖生理称之为阴，而将无形的藏象称之为阳，例如，《阴阳应象大论》中就十分明确将阴释义为解剖形体，“阳化气，阴成形”，这里的“形”指的就是形体，即是解剖生理系统。“阳化气”则是无形的，因为藏象食气。
印度《六问奥义书》中有句更为明白的表述：“惟太阳为生命，唯太阴为原质。凡此一切有形体无形体者，皆原质也。故原质既开体。”
第二、从能量来源划分。人体的两个生理系统，各自需要不同的能量来维护。解剖形体需要“味”，而藏象则需要“气”， 《六节藏象论》曰：“天食人以五气，地食人以五味。”指明两个系统的能量来源不同。《素问•；生气通天论》更明确记载说：“阴之所生，本在五味……”意思是说：解剖生理系统通过摄取食物中的营养存活。《阴阳应象大论》从另外一个角度来阐述阴与味的关系，它说：“阳为气，阴为味。味归形，形归气，气归精，精归化。”其中“味归形”一句说得很直白，可以理解为：食物为解剖生理系统所必须，或者说形体从食物中提取能量。
同样的道理，中医将藏象系统通过经络直接从宇宙空间得来的能量名为“阳”，也称为先天之精，它化生阳气。而将从人体解剖系统（脾胃）转化而来的能量统称为“阴”，也称为后天之精，它化生阴气、阴血，《五常政大论》曰：“阴气内化，阳气外荣。”
第三、从人体与宇宙来划分。人的两个生理系统与宇宙空间都有密切的关系，但性质很不相同。解剖系统与大气以下的地球环境关系密切，这个环境提供了它所需要的一切，如水、空气及各种营养成分。因此中医里，地球环境为阴，“天为阳，地为阴”。
《外星人就在月球背面》108
人体的藏象系统与地球之外的宇宙空间关系密切，它所需要的一切能量都最终来自遥远的星空，故而地球以外的空间环境为阳。因此藏象系统随地球的运行而运行，《生气通天论》曰：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”
第四、从疾病的来源划分。请注意，中国的疾病理论不是站在解剖生理系统的角度，而是站在藏象生命系统的角度来论述，因此，有了阴病和阳病的区分。但不论是阴病还是阳病，指的都是藏象系统的疾病，而不是解剖系统疾病。如此划分，是为了标明疾病的两个来源。
源于解剖系统而最终影响到藏象系统的疾病称为阴病，例如，《太阴阳明论》曰：“食饮不节，起居不时者，阴受之。”意思是：饮食没有节制，起居黑白巅倒、房事过度，都会损害解剖生理系统的健康，最后影响到藏象生命体。《调经论》在讲到疾病时也说：“其生于阴者，得之饮食居处。”《灵枢•；百病始生》曰：“喜怒不节则伤脏，脏伤则病起于阴。”
而由于藏象系统本身原因而引发的疾病称为阳病，因为藏象系统与宇宙空间风寒暑湿燥火热六气关系密切，它通过经络可以直接侵入藏象系统，故而阳病都来自身体以外，即是指我们地球以外的宇宙空间，故言“其生于阳者，得之风雨寒暑”。
《调经论》曰：“其生于阳者，得之风雨寒暑。”
《太阴阳明论》曰：“故犯贼风虚邪者，阳受之。”
《脉要精微论》曰：“故中恶风者，阳气受也。”
《太阴阳明论》曰：“故犯贼风虚邪者，阳受之……阳受之则入六腑。”
第五、从藏象组织结构划分。《素问•；金匮真言论》曰：“言人身之腑脏中阴阳，则脏者为阴，腑者为阳。肝心脾肺肾五脏皆为阴，胆胃大肠小肠膀胱三焦六腑皆为阳。”这里谈到的是藏象本身的组织划分，换言之，五藏之经络为阴，六腑之经络为阳。五藏受精于脾，脾化精于解剖系统的胃，胃得味于地球环境，故五藏为阴。六腑