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最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。

从达尔文给亲属的信中可以看出，“贝格尔”号上的这次危机使他多么焦急不安。当然一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。旅行，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果菲茨·罗伊拒绝指挥，“贝格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“贝格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。

对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务；首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪列拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是要尽可能多收集收集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。在途中，他在菲茨·罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美和环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和参观一些新地区的计划。他已不能使自己的事业半途而废，不能放弃自觉制定的计划，特别是快要完成的计划。要是“贝格尔”号放弃环球航行的想法向英国驶去的话，达尔文就决定走他自己所拟定的航线，独自越过科迪列拉山脉，研究科迪列拉山脉的地质，走旱路横穿南美洲大陆，再返回东岸到布宜诺斯艾利斯去，然后从那里乘船回英国。

可是危机结束了，决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力在南美洲西岸进行工作，乘“贝格尔”号到一些岛屿上去旅行，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇佣向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪列拉山脉的念头。

“贝格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于十一月二十四日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人汇合。另一部分船员则留在“贝格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部汇合。这时“埃德文切尔”纵帆船已卖掉。

达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林的叶丛下面，所以地面松软、泥泞。

查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡尔洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，现出了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有两千米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕来索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。

十一月三十日，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，总共剩下几百个居民。

达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的基干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过两米，周长在十一米以上。

十二月六日，这队人马到达了南岛圣佩得罗，“贝格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。就这样，在这个岛上发现了独有的狐狸。

达尔文和菲茨·罗伊虽然努力要爬上岛巅，但是一切努力都白费了：由于森林中到处都堆积有大量倒下的腐朽的树，所以根本无法通过，他们只好时而一个跟一个从腐烂的树干底下爬过去，时而沿着离地二三米高的树干上走。最后只好放弃这一打算。

十二月十日，达尔文搬到要继续向南驶进的“贝格尔