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过了几个星期，各地的讨论小组就开始集会反对梅—约翰逊法案。

由加州理工学院的学生和博士后组成的讨论小组的活动很具代表性。他们开始在学院教工俱乐部的被称为雅典娜神殿的地下室里，开会研讨原子能技术的影响及控制问题，并很快成立了一个名为帕萨迪纳科学家协会的组织。该协会的宗旨是“更好地承担科技工作者在促进人类福利和维护世界和平方面的日益加重的责任”，协会主席、副主席以及一些发起者均来自鲍林的实验室，他们都反对梅—约翰逊法案。

1945年11月底发生的一件事情给反对派的活动注入了新的动力。一批美国军人进入被占领的日本原子能实验室，拆散了5台研究型回旋加速器，并把部件扔进了大海。后来了解到这些加速器是严格地用于非军事目的的，尽管格罗夫斯很快就公开道歉，但是日本科学家极度痛苦的呼唤在美国科技界激起了广泛的共鸣。此事清楚表明军队根本不懂得纯科学研究的基本知识，因此美国原子能研究的控制权显然不应该放在他们的手里。

于是，1945年的秋季，几十个精力充沛的青年科学家来到首都华盛顿，他们中有鲍林以前的学生科耶尔，他辞去了奥克里奇原子能实验室的工作，全力进行反对梅—约翰逊法案的斗争。各地的讨论小组联合组成了一个全国性的组织——原子科学家联合会，并在国会山附近的一幢无电梯的大楼里租了一个房间作为办公地点，配备了一台打字机。他们对议员实行盯人式游说，向国会各个委员会邮寄油印的申述材料，并用激烈的言词在报上发布新闻。反对梅—约翰逊法案联合阵线中一位激进的领导者、诺贝尔化学奖得主哈罗德·尤里①该法案称为“国会所写的第一个独裁者法案，你可把它叫作是共产党法案或纳粹法案，也可用其他任何你想像得出的坏名词。”随后，这些人提出了自己的修正法案。1945年12月份，民主党参议员麦克马洪提出一个包含了原子科学家联合会的意见的法案。该法案建议成立一个原子能委员会，该委员会将由总统任命的若干名军外科学家组成的专职小组领导；法案还建议确保研究工作的独立性并指派非军方人士任部长。这样就把军方排除在外了。

①尤里（Harold　Clayton　Urey，1893—1981），美国化学家，因发现氖（重氢）获1934年诺贝尔化学奖，后又研究地球化学和天体物理学，对发展原子弹及地球和其他行星起源理论均有重要贡献。

围绕梅—约翰逊法案和麦克马洪法案展开的辩论公开暴露了科技界内部的深刻分歧。支持梅—约翰逊法案的一方是那些在战争年代负责协调军界和科技界研究项目的高层管理人员，他们认为与军方共享原子能研究的决策权是最为现实的做法，布什和哈佛校长科南特①等人预言大多数科学家将会支持梅—约翰逊法案。与他们站在一起的有全国各地的上千名支持者。这些支持者相信，该法案能够给予军外科学家足够的代表权，同时又能确保原子能研究的优先地位。比如密立根就联合加州理工学院内外大约200名“平民”向国会递交了一封签名的公开信，敦促国会通过该法案。

①科南特（James　Bryant　Conant，1893—1978），美国教育家、科学家、哈佛大学校长（1933—1953），为第二次世界大战时组织美国科学为战争服务的中心人物，着有《论了解科学》、《教育与自由》等。

反对梅—约翰逊法案阵线的成员，除了科学家联合会的那些年轻的动乱分子外，还包括了一些受人尊敬的著名科学家，比如贝尔实验室主任和美国科学院院长朱厄特，原子弹研制者费密①和西拉特，当然还有鲍林。鲍林本人同时参加了帕萨迪纳科学家协会和原子科学家联合会，并以个人名义写信支持麦克马洪法案。

①费密（Enrico　Fermi，1901—1954），美籍意大利物理学家，研究慢中子人工引发原子衰变，最早实现受控链式核反应，获1938年诺贝尔物理学奖，1939年赴美，1942年主持建立世界上第一座原子核反应堆。

大辩论的结果开始偏向反对梅—约翰逊法案的一方。到1946年春天，原子科学家联合会的成员增加到了几千人，其部分原因就是由于该联合会采取的反对梅—约翰逊法案的立场。成员的增加提高了联合会作为院外活动集团的地位。那时麦克马洪的支持者已经争取到了包括杜鲁门总统在内的一些政治家的支持。杜鲁门仔细听取了他们的意见后，感受到了战后选民的情绪，决定支持原子能技术