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但是达尔文主义的敌人并没有投降。《每季评论》上发表了一篇文章，达尔文的朋友们认为这篇文章是韦勃甫司和奥温写的，其目的是要离间赖尔和达尔文，因为赖尔在社会上享有很高的威望，他对新学说的浓厚兴趣是人所共知的。文章中说：“达尔文先生离开了一个博物学家进行工作的宽广大道而走入了虚幻假设的丛林，这是一大罪恶。达尔文先生认为他可以把赖尔看作他的信徒之一，我们相信他这样认为是打错了算盘。我们当然知道，达尔文先生可以对他那位地质学上的兄弟施以强烈的诱惑……但是没有一个人比赖尔更明确地、更合理地否认了物质可变的说法（文章的作者这样写，暗示的是赖尔的《地质学原理》第二卷，在那里赖尔对拉马克的观点进行了驳斥），他这种否认并不是发生在其科学生活的幼年时期，而是发生在其科学生活的精力充沛时期和成熟时期。”接着这位主教希望依靠赖尔的帮助来“彻底消灭这种浅薄而又抽象的理论，正如彻底消灭它的孪生兄弟……《创造的痕迹》一样”。

赖尔的立场尚未确定。他对《物种起源》深表赞同，他很有兴趣地、仔细地阅读了这本书，但他还不能坚决地“转向”新的信仰。他继续和达尔文进行着频繁的书信来往，经常向达尔文提出一些新的次要的异议，达尔文则逐一给予答复。达尔文知道，赖尔正在准备写一部巨著《人类的古远性》，因此他期望赖尔在这本书中将坚决地站到他这一边来。但有时候他也流露出自己的顾虑。因为赖尔年事已高，赖尔以前曾抱有反进化论的观点，赖尔在“社会上颇有地位”——所有这一切本来是会把赖尔拉向另一边的。然而赖尔却巧妙地处理了“与华莱士的冲突事件”，坚决主张公布“巨著”的摘要。这部巨著的成绩表明，赖尔是对的。因此达尔文在遇到小小的困难时，继续向这位聪明的朋友请教。

有一篇对达尔文这本书的评论使他颇为激动，他曾准备在《物种起源》的新版（穆瑞已经主张出第三版了）中对这些攻击予以回击。赖尔建议达尔文将原文再稍微扩大一些，在某些地方加进对各种异议的答复，但不提到持这些异议的人的名字。他还建议达尔文不要亲自出面干预论战。达尔文采纲了这一建议，因为他的朋友们都在积极地继续“为捍卫达尔文主义而战斗”，特别是赫胥黎，达尔文在一封信中说赫胥黎“在传播魔鬼的福音方面是他的殷勤周到的代理人”。

一八六三年出版的赖尔的《人类的古远性》一书，既没有使达尔文本人满意，也没有使达尔文的论敌满意。赖尔所说的最有利于达尔文理论的一句话，达尔文认为，可以说成这样：“如果物种借助变异和自然选择而发生变化这种情况无论何时都被证明是极其可能的话……”。人们从这样一句话中当然不可能了解赖尔本人的看法究竟是什么。除了一些似乎足以说明物种变化的事实以外，在关于大脑和智力那一章中，他甚至还暗示在动物智力的最高形式同人类智力的最低形式之间还有着鸿沟。

达尔文以懊丧的心情写信给虎克说：“在这个问题上最有意思的是，赖尔认为，他以昔日殉道者的勇气采取了行动。”

在美国，反对达尔文这本书的主要是有影响的博物学家亚格西，还有几个教授也附和他的看法。坚决捍卫达尔文的是爱沙·葛雷，他收到了达尔文的这本书并进行了认真的研究。达尔文曾写信问爱沙·葛雷：“您最喜欢的是书中的哪一部分？”爱沙·葛雷对此写信回答说：“我认为最好的部分是这本书的整体，即这本书的结构和写作方法，大量的事实和巧妙的推论。”爱沙·葛雷曾打算出一本与众不同的“美国”版的《物种起源》，这一点他很快就实现了。他在美国的《希利曼杂志》上写了一篇评论这本书的文章，对这本书备加赞扬。达尔文认为这篇评论写得非常好。它把亚格西和达尔文两人的物种起源理论作了对比。爱沙·葛雷证明：前者是多么粗浅，后者是多么令人信服；前者是多么神秘，而后者又是多么自然。

可是亚格西并未就此罢休，于是新理论就成了一些学术会议上进行激烈争论的导火线，亚格西、波文教授和其他一些人在会上纷纷发言反对爱沙·葛雷。但是爱沙·葛雷对反对者的论点进行了详细的批驳。这个发言后来刊登在《美国科学院院报》上，它的校样寄给了达尔文。

达尔文写信给爱沙·葛雷说：“您比其他任何人都内行。我认为，您对我这本书十分清楚，如同我自己对它的认识一样；您在讨论问