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达尔文很快就同这些军官和海军准尉们认识了，因为他一会儿同一些人在一起吃饭，一会儿又同这另一些人在一起吃饭。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了几次步，同他一起测量了太阳的高度，关心磁性仪器。倒霉的是遇到了极其恶劣的天气，阴雨绵绵。在这种情况下，达尔文就呆在家里，读点书。在其他日了里，他有时同菲茨·罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起用餐，或同他们在一起作一些磁性观测，有时同博物学家们——鱼类学家哈米尔顿·斯米特和物理学家哈里森——在一起。

十一月十二日，“贝格尔”号终于油漆完毕，所有甲板已清扫干净，各种物品已收拾停当，于是很快就要启航便有了一些眉目了。

十一月二十三日下午一点，“贝格尔”号解缆了，第一次从停泊处移动，行驶约一英里，改换了停泊地点。达尔文在《航海日记》中指出，为了最后准备启航，要做的事剩下不多了。他写道：“舰上装满了各种储备品……货舱里恐怕连一筐粮食也难以再放进去。我对舰内情况的了解是很模糊的，就象人们对一个人腹内情况的了解一样，也就是说，我对装载空气、水和食物的大船舱的了解是极其模糊的。”

此后，又过去了一些日子，在这些日子里，达尔文有时忙于收拾和布置自己和斯托克斯同住的船舱，有时学习一下子跳上吊床的本领（由于地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床），有时在附近散步。终于一切都准备就绪。可是，“贝格尔”号还没有开动，因为逆风一个劲地刮个不停，所以启航日期一拖再拖。达尔文的情绪低落了：他想念亲人，并且想到一离别就是三年，就感到害怕。天气不断使人感到愁闷和沮丧。此外，他还感到心脏有点痛，心搏过速，于是他就象那些只有一知半解的医学知识的青年人所经常表现的那样，猜想自己得了严重的心脏病；不过他没有去找医生，因为他怕医生不让他去航行。

十二月十日终于出海了。达尔文很快就患了晕船病，船的摇晃使他感到十分难受。傍晚，海上迎面刮起了大风暴，因此第二天早晨“贝格尔”号又返航。到中午时分，这艘二桅方帆军舰又回到了它的停泊处。达尔文饱受了风暴之苦，所以在他恢复知觉，稍事休息，在海岸上散了一会步之后，他感到很高兴，因为散步大大恢复了元气。这只舰又不得不停泊在港湾里。这时达尔文着手制定计划，并把他准备在航海时要做的事一一写进了《航海日记》，收集搜集品，考察和阅读他所能消化的自然史的“各个领域”，进行气象观察，学习数学、德语、西班牙语和少量的古典语，例如在星期天用希腊语读读圣经，还读点英语书来消愁解闷。这个宏大的规划比起“剑桥”时的那个规划来虽然稍微逊色，但是在这个宏大的规划中，只有学习数学和阅读希腊文圣经这两项达尔文后来未能实现。

西南风刮个不停，启航也遥遥无期。不过达尔文还是怀着高兴的心情在《航海日记》中指出，三星期前从普利茅斯启航的二桅方帆军舰又被迫返航归来。

十二月二十一日“贝格尔”号终于第二次出海了，但是在退潮期间驶经德霍克岛时触了礁，一动不动地停了半个小时，最后驶进了公海。达尔文也患了晕船病。后来他睡着了，一直睡到第二天早晨才醒。早晨他得知，“贝格尔”号舰由于风向改变又返航回来。它趁着强大的顺风很快就返回到了普利茅斯。

所有这几次延期虽然使查理心情忧郁，但也有其积极的一面。“贝格尔”号属于那种老式的二桅方帆军舰，这类二桅方帆军舰由于轻便而得了一个外号“棺材”，其所以如此，是因为这种轻便的军舰一遇到大风浪便往往沉没。它的船舷与船的大小相比显得很高，因此大浪冲击它们的时候是很危险的。前面已经提到，它从上次航行回来时已破烂不堪，所以不得不对它几乎是重新改造。这只船上用的材料都是最好的。这只小船确实没有辜负舰长和全体船员对它的种种关怀，在它从长期的艰难航行归来时几乎连一根椽木也没丢。

另一方面，查理却有很多时间向那些有经验的人请教，准备收集自然史搜集物所必需的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的书籍。他后来在航途中的来信中写道：“我们在普利茅斯所经历的那一切遥遥无期的停留是极其幸运的，因为我认为在出外作自然史各部门的采集和观察工作的那些人之中，没有一个比我装备得更好的了。”

为了庆祝圣诞节（十二月二十五日）水兵们个个都要痛饮一番，因此哨兵的职务只得由一名海军练习生来担任。在圣诞