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四月三日，达尔文和菲茨·罗伊访问了马来亚人的一个村子，这个村子座落在一个岛屿的一角。他们在那里观看了一种在死人墓上跳的“木勺舞”，这是在望月时举行的一种半崇拜偶象的仪式。

四月六日，他同菲茨·罗伊访问了紧靠礁湖入口处的一个岛屿，并观看了居民们是怎样坐着两只小船捕捉海龟的情况。达尔文对猛烈的海水激浪在迎风的岸边碰得粉碎的情况为之惊讶。这位年轻的博物学家当时情感上究竟是如何激动，这可以从他在日记中谈论这一印象的那些富于表情的话中看出来。现在我们把这些话全部引证如下：“……我很难解释，为什么这些礁湖岛的外侧海岸的景象总是使我感到极其伟大。在这类似壁垒的岸边，在这绿色的灌木丛和高大的椰子树的边缘，在那大片坚实的，到处都散布着巨大碎块的死珊瑚岩上，最后还有在那从四面八方袭来的波涛汹涌的巨浪中，包含有多少纯朴之处。大洋把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，好象是一个不可战胜的、强大无比的敌人似的；可是，我们看到，仍旧可以用一种方法去抵挡它，甚至去进攻它，虽然这种方法初看起来好象是软弱无力而又不中用似的。大洋并不宽恕珊瑚岩，因为这些散布在珊瑚礁上面而且堆积在这条生长着高大椰子树的海岸上的巨大碎块，清楚地表明了波流的威力。海洋从来没有过一段安静的时间。在广大的海洋表面上，永远吹拂着同一方向的风：这种微弱但却不停的信风所引起的巨大海浪，能够产生出一种十分强大的波涛，其力量几乎等于温带地区的一阵大风暴所发生的力量，而且这种波涛还是永不停息地在咆哮着，在看到这些波涛时，你会不得不相信：假定一个岛是由最坚硬的岩石构成的，譬如说是由班岩、花岗岩或者石英岩构成的，那它终究也是要被这种难以抵抗的力量所征服和毁灭的。可是这些低矮而微小的珊瑚小岛却依然站在那里，而且成为斗争中的胜利者，因为出现了另外一种对抗的力量在斗争中帮助了它们。一些有机体的力量从波涛汹涌、泡沫飞溅的波浪里，不断地分离出碳酸钙的原子来，而这种原子又逐渐地结合成为一种对称的结构。让飓风把它们撕裂成千万块碎片好了，因为如果同无数个建筑师夜以继日、成年累月所积累的劳动总合比较起来，这又有什么意义呢？我们从而看到，一个水螅虫的柔软而有粘液的身体，依靠生命规律的作用，正在战胜大洋波涛的巨大的机械力量；而这种力量，既不是人的技能，也不是自然界任何无生命的创造力所能制服得了的”。

第二天达尔文访问了西岛，这里的植物要比其它岛屿上的植物更加茂盛。这在里的干燥的陆地上，到处都可以看到一种吃食椰子的陆地椰蟹。达尔文根据当地一位居民的话，对蟹如何吃食椰子的情况作了记录。他还观察了两种蓝绿色的鱼经常咬破珊瑚并以吃珊瑚为生的情况，以及许多生活在珊瑚礁中的无脊椎动物。

在他的《航行日记》中，保留有四月十二日的笔记，他们在这一天离开了礁湖。在这一天的笔记中，有他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的著名理论的初稿。

他写道：“我很高兴我们访问了这些岛屿：这些形成物无疑是自然界最稀有的现象。这并不是一下子就能够使我们的肉眼感到惊讶的奇迹，而倒是在经过了一定的思考之后才使我们的理智为之惊讶的奇迹。

当旅行家们告诉我们某些古迹的伟大结构和庞大体积时，我们是感到惊奇的，但是那些古迹中即使是最大的古迹，如果同这里的由各种最小的动物堆积起来的物质相比的话，那它们就是微不足道的了。在这些面积广大的岛屿上，每一个原子组成部分，不管（是从哪里弄来的）是最小的微粒还是巨大的岩石碎块，都带有曾经遭受过有机物方面的力量作用的痕迹。菲茨·罗伊舰长在离海岸一海里远的地方，用七千二百英尺长的一根绳索，测量了海的深度，但没有测到底。因此，我们应当把这个岛看作是一座陡峻的高山的顶峰。至于珊瑚虫工作的结果延伸到何种深度或厚度，这是根本无法知道的。

有一种意见认为，制造岩礁的水螅虫是随着岛的基底在火山力量的作用下经过一定的时间逐渐下沉的不断向上加高自己的建筑物。如果认为这种意见是正确的话，那就可以认为，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。

在太平洋里，我们看到一些为珊瑚礁所包围的岛屿（比如我们在这本日记中提到的塔希提岛和埃伊梅奥岛），而许多海峡和静水区把这些珊瑚礁同海岸远远隔开。各种各样的原因都可能阻碍那些最能在这种条件下发