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第二条，人类使家畜发生的那些变化，如为载重培育的辕马，为达到高速度培育的跑马；人们还培育出各种品种的狗：勇猛和力气大的（斗犬）、有特别敏锐嗅觉的（猎犬和西班牙狗）、奔驰特别迅速的（灵狸）、能拖出溺水者尸体或被打死的猎物的、北极地区的拉套狗；培育出改变了形态和颜色的动物和鸟类（家兔、鸽子）。在气候的直接影响下发生的变化也算到这里来了，他指出在温暖气候下的长着较细羊毛的绵羊，冬季里雪白的野兔和沙鸡。他还把锻炼和生活方式对人的影响算入这些变化之列，如锻工、划桨人、纺织人、搬运工和马戏杂技演员的四肢发生的变化。

第三条，畸形的出现和后代对畸形的继承。他举的例子有：每只爪子上都额外长着一只爪的猫，也有额外长着一个爪的鸡、腿上长羽毛的鸡、罗马和那波利的无尾狗（按布丰的观点，大概是从被砍掉尾巴的狗那里继承来的特征）。

第四条，“从老鼠和蝙蝠到大象和鲸鱼”等所有温血动物——四足动物、鸟、两栖动物以及人类在构造上惊人的相同之处。这都使伊拉司马斯·达尔文认为所有这些形体起源于一条“动物纤维”（他曾是一位精原论者）。“这条纤维在一些动物身上，在其成熟之前的发展过程中开始有了手和有敏锐触觉的手指，如人类，在另一种动物身上这条纤维成了爪子……在第三种动物身上成了带有中间组织或者蹼的趾……在第四种动物身上则成了对生的蹄……而在另一些动物身上则成了囫囵的蹄，然而，这条原始纤维在鸟类身上却没有发育成手或者脚，而发育成了翅膀，没有发育成毛发，而发育成了羽毛”等等。

第五条，他实质上是重复他在确定第一条和第二条因素时说过的东西，这就是一切生物从它生命的开始到结束都在变化着，并把已具有的特征遗传下去。

发生变异的理由是动物的三个基本本能：性感、饥饿和求安全。伊拉司马斯·达尔文把雄性想专门占有雌性的这种意图作为一种冲动提出来。这种意图引起雄性间的互相争斗，其中谁有最好的格斗工具谁就能获取。他认为属于这方面的有：野猪肩上厚得象甲壳一样的皮，这块皮仅仅为了用以抵御其他想用獠牙斜着向上挑刺情敌的野猪；牡鹿的长成枝叉般的角，是用来击退情敌进攻的，还有雄禽（公鸡）的距。伊拉司马斯·达尔文说，因此，进行繁殖的就会是最强壮和最活跃的动物，这样，这种动物也就会日臻完善。

动物还会因获取食物的方法不同而发生变异，猪鼻孔长在硬硬的拱嘴上，好在泥土里搜寻昆虫和草根；象的长鼻子是用来折断象赖以为生的树枝的；食肉类野兽有强有力的颌骨和爪子；牛在啃吃成把的青草的过程中，使粗糙的舌头和不光滑的上颚发达起来。

第三需要，即实现防卫，就使救生工具发达起来，如靠加长了的鳍和翼下的膜（飞鱼、蝙蝠），或者加长了的腿（兔）来实现。防卫也可以靠坚硬的甲壳或刺来实现（乌龟、海刺猬）。

伊拉司马斯·达尔文在《动物生物学》里指出，对温血动物的结构中的重大相同之处的考虑，对温血动物在出生之前和出生之后所经受的各种变化的考虑，以及对地球形成时代起到人类形成止有一个极大的时间间隔的考虑，这些都使他得出推论说，所有的温血动物都起源于一条“活纤维”。

“伟大的始因”使这种“活纤维”具有生活能力，使它有能力长出带有新习性（由刺激、感受、愿望和联想引起的）的新的部分，使它有能力把历代以自身的积极活动获得的东西传给后代。

林纳的“昆虫”和“蠕虫动物”可能也有一个共同的起源，然而却起源于另外一条活纤维。他认为植物可能也是这样，在植物中，树木是由草本植物在争夺阳光和空气的斗争中发展起来的；而有些植物“学会了”逐渐附着在自己邻居身上，或者象常青藤那样缠绕着，或者象葡萄那样靠卷须缠着，或者象槲寄生植物那样长在其他植物身上并从中吸取养分。伊拉司马斯提出一个问题，原生动物纤维是不是对所有这些植物和低级、高级动物来说都是特殊的呢，还是应该认为可能这些动植物界是逐渐出现的？很可能，它们起源于有机界所有东西的起因的同一条活纤维。

他在《动物生物学》里引证了大卫·休谟的思想，认为生殖能力在世界上比备受赞颂的智慧重要，因为智慧能造出机器，例如指南针，而生殖能力则创造出机器的创造者。

伊拉司马斯·达尔文的最后一部叙事诗是《大自然的神殿》，这是在他去世之后，查理·达尔文诞生之前六年，即一八○三年出版的。我