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四月一日，“贝格尔”号上所有的人都在开愚人节的玩笑。午夜时分，人们开始把所有穿着睡衣的人从下面叫到甲板上：叫来木匠是为了修理炉子，叫来后甲板上的工匠，其借口是桅杆咔嚓直响，叫来海军练习生是要他们把风帆降低一些。大家在回到各自的吊床上时，有的骂，有的笑。对于达尔文，人们想出了一个合适的诱惑物。谢利万喊道：“达尔文，您看见过逆戟鲸吗？现在出现这种动物了，您快点来看”。满腔热情的达尔文马上跑出去，想看一看这个南方的海豚，但是迎接他的却是值班人员们发出来的哈哈大笑声。

四月四日，“贝格尔”号驶进了里约热内卢港湾。在这里，即在里约，第一次收到英国的来信。

“贝格尔”号打算在里约热内卢长期停留。因此，达尔文同美术家埃尔一起在里约的近郊，即在离市区有一小时路程的博托福戈租了一座漂亮的房子。

此外，达尔文打算到巴西国内作一次旅行。因此，他加入了一个成分特别复杂的团体。该团体的成员有：眼镜商和温度表商帕特里克·连农（他在国内拥有一块不直接经营的森林，八年来第一次决定视察自己的领地）；连农的侄子洛里（他是一个狡猾的奴隶贩子和骗子，到他哥哥那里去，他哥哥娶了当地一个财主的女儿为妻）；洛里的朋友戈兹林格；还有一个药铺学徒和一个黑人小向导。他们是骑马进行这次旅行的。

道路有时穿过热带森林（在热带森林中，使达尔文感到惊讶的是“那些寄生植物、特别是兰科植物开放出来的奇花异卉，那些鲜绿色的树状羊齿及其弯曲得很精巧的叶子，那些同别的树交叉长着的棕榈树，特别是西印度椰子树，它那枝干纤细得用巴掌就可以握住，它那优美的树冠在十二——十四米的高空中摇曳着”）；有时蜿蜒在险峻的花岗岩旁，这里躲藏着一些逃亡的黑人，至今士兵也没有把他们灭绝；有时穿过被沼泽地、浅海湾和无数湖泊切断的荒无人迹的地区。沿途的客栈非常简陋：客栈里常常找不到吃的东西，甚至连面包也没有。他们访问过的那些处在偏僻地方的庄园里，有很多牲畜，农作物的收成很好，森林里有很多野兽。

奴隶主对待奴隶的态度使达尔文极为气愤，他们可以随随便便地卖掉自己奴隶的妻子儿女。有这样一件事使他特别吃惊：达尔文在《考察日记》中叙述到：“一个非常笨的黑人渡我过河。为了向他说清楚我要干什么，我就大声地说起话来，并且在做手势的时候，把手挥动得离他的面孔很近。大概他以为我在发怒，想要打他，因此他突然大惊失色，半闭眼睛，挺直身体，垂手而立。一个体格非常强壮的成年人，在他以为自己的脸上就要挨打的时候，却不敢起来自卫。看到这种情形、惊奇、厌恶和羞愧的感觉交织在我的心中，这是我永远也忘记不了的。这个人已经被弄到如此屈辱的地步，甚至连最没有自卫能力的动物都不如‘”

在回来的路上，达尔文在这些庄园中的一个叫作索谢戈的地方度过了两天，他利用这两天的时间到森林里去采集昆虫标本。他从里约给同学弗·沃特金斯的信中写道：“我住在一个庄园里，这里是有人烟地区的边缘，后面是一片无法穿过的大森林。这种安静的生活几乎是无法想象的，在好几里之内找不到一个人来同你作伴。在这种阴暗的森林中坐在一个枯烂的树干上想一想家，这件乐事是要化一些劳动和费一些麻烦来换取的”。在森林的某些地方，含羞草象几英寸厚的地毯一样覆盖着地面。达尔文从上面走过去，就留下了一行脚印；这是由于含羞草敏感的小叶闭合下降和色彩变化而形成的。

在巴西内地的旅行，一共用了将近两个星期的时间。达尔文回到里约后，便把自己的东西从“贝格尔”号上运往博托福戈。在靠岸时，海浪由小船的头上冲了过去，在达尔文的眼前，浮现着他的书籍、仪器、枪壳和其它必需品，全都漂了起来。不过他只是受了点惊：什么东西也没有失掉，但大部分东西下面都浸湿了，他用了整整一天的时间才把这些东西晒干。整理在巴西内地旅行时所采集的东西和补写日记，象往常一样占用了几天的时间。

达尔文在博托福戈住了两个半月。在这里，他研究了里约四郊的自然界。他的房子位于科尔科瓦多山麓。科尔科瓦多山海拔在六百八十多米以上，呈陡峭的锥体形，半山腰处，通常总是白云缭绕。达尔文白天旅行和收集搜集品，或整理收集来的东西，晚上就给自己的许多朋友写信或读游记，例如他阅读在十八世纪中叶曾到南美洲去探险的安松船长的游记，再不然就重读他所喜爱的洪保德的著作，他在自己对热带自然界的观察