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在同行中威信的下降，当然不是令人愉快的事，但是鲍林并不在乎这一点。他不但没有降低一点自己的调门，相反，他又帮助发起了另一场诉讼，同时控告苏联政府和美国政府继续进行核试验。他还开始筹建一个协调世界和平运动的组织，其中包括共产党内外两方面的活动人士。他显示了向公众舆论低头的姿态，注意到在激烈的程度上，对苏联的批评至少不亚于对美国的批评。

但是，他所作的努力似乎都没有成效。1962年底，美国再次在大气层里进行了试验；根据鲍林的计算，在一年里，放射性污染的程度会增加一倍；肯尼迪在古巴导弹危机中执行的边缘政策曾经冒过核战争的风险；鲍林最近对国防部提出的控告被法庭驳回；他还和另外一些和平运动的人士发生过龈龋；他要求赔偿的几个案子都没有结果；他为和平与结束核试验所做的工作受到某些人的排斥、忽视甚至是嘲弄。

这一切，毛病究底出在什么地方呢？

分子钟

鲍林对放射性的遗传学影响进行了研究，使他对遗传变异现象产生了浓厚的兴趣。特勒声称，产生一点额外的变异，也许对进化是有益的，这就更让他看到了这个问题的重要性。大多数变异现象当然是有害的——这是他反对核试验和放射性尘埃的出发点——但是，生命体在长时间里发生变化以适应周围的环境，变异现象的确是垫脚石。具有消极作用的变异，积累起来怎么就形成了具有积极意义的进化呢？鲍林思考着这一个问题。许多低级生命形式，如细菌，能靠简单的食物来维持生命，能用明胶那样最简单的食物源合成它们所需的一切。但是，人体却丧失了制造体内所需一切营养成分的能力，人需要有一种平衡的食谱来提供各种各样的维生素和氨基酸，这些成分是身体无法合成的。不知是什么原因，在人类进化的轨道上，发生了变异，合成有关物质所需要的酶也发生了变化。要是人类没有别的途径获得这类必需的营养，人就有死亡的危险。但只要在其他食物中能找到这些营养成分，那就没有什么关系了。

发生这一种情况也有其积极的一面。由于不再需要合成某些物质，节约下来的能量就可以用于其他新陈代谢的活动，这样，就有可能出现比较复杂的生命体。粗看起来像是一种“代谢性疾病”——失去了制造维生素的能力——但最后结果却是发生了具有积极意义的进化。

于是，进化可以看作为一种分子学过程。鲍林安排来自法国的博士后研究者埃米·祖凯康德尔对这一问题展开实际的研究。受试分子取自鲍林原先喜欢采用的血红蛋白。祖凯康德尔前往圣地亚哥，先是从大猩猩、黑猩猩和猕猴身上，后来又从马、牛、猫、猪和鱼身上，采集血标本。之所以这样做，其思路倒不在于识别物种是怎样进化的，而在于比较不同动物血红蛋白分子的大小和结构，从而找出其进化的规律。

1962年，鲍林和祖凯康德尔发表了他们从这一研究中得到的最为引人注目的发现，就是血红蛋白可以用作为一种生物钟。举例来说，通过对马的血红蛋白所作的详细研究，表明它与人体血红蛋白的差别是在其四根链的每一链上，大约有18个氨基酸替代物。将这一结果与古生物学家的知识相比较，就可以知道人类和马纲动物大概是何时开始分野的，从中还可以算出，平均每隔14。5百万年就会发生一次进化上有效的差异。以此为标准，比较其他动物血红蛋白的数据，鲍林和祖凯康德尔估计，人和大猩猩——两者的血红蛋白很相似——是在11百万年以前分手的，这要比大多数学者原先设想的分手时间晚了几百万年。当然，鲍林也承认，重大的变异不一定是以稳定的速度发生的，很可能有成批变异现象发生的情况，但他得出结论认为，“通过具体测定血红蛋白分子和其他分子中氨基酸排列的顺序，有可能获得有关进化过程的更多信息，从而有助于揭示物种的起源。”

鲍林和祖凯康德尔关于分子进化的基本思想，还有他们利用生物分子来研究历史进程的做法——这些内容现已变成自成一体的研究分支，不过，现在选用分子的时候，已用DNA代替了血红蛋白——具有开创性意义。正如鲍林从前的学生、核酸专家里奇所说，“他一下子将古生物学、进化生物学和分子生物学等领域统一起来了。”

在一段较短的时间内，鲍林还曾被推到优生学争议的前沿。由于他和祖凯康德尔提出了分子进化的概念，而鲍林研究如镰状细胞贫血症那样的遗传性疾病已