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还要寻找一些模型，从中了解他那些多面体到底可以变到怎样的程度。克里克讽刺他怎样去维系分子时所用的尖刻语言，促使他收集了一些化学研究的先例，说明在同一分子中相邻离子同带负电荷的现象是存在的。此外，他自己也得找一些理由，说明DNA中心也许有一种特殊的环境，容许磷酸像他提议的那样存在着。对鲍林来说，这仍然关系到磷酸的化学特性。与此同时有人给他寄来了所需要的核苷酸样本。鲍林开始对其作X射线分析。

他最终在为寻找一种合理的结果做奠基性工作。可惜，这一切都为时已晚。

克里克得谢谢鲍林的论文，他终于得到指示重返DNA的研究工作。克里克和沃森两个人各自都拼命地设想了各种各样不同的模型，不过，此时的注意力已集中在双链模型上，因为切加夫曾经提醒他们考虑碱基双双成对的情况。沃森在给德尔布吕克的信中提到的“非常漂亮的模型”就是其中的一次尝试，但是，正如多诺胡指出的那样，那个模型是不对的。

多诺胡发表的看法后来证明是一个关键。作为达特默思大学毕业的高材生，多诺胡从40年代开始就曾长期在加州理工学院跟随鲍林工作和学习，因此，他对结构化学可谓是了如指掌。氢键曾是他专门研究的课题，因此他心里很清楚，克里克和沃森在化学上还只能算初出茅庐的新手，他们两人为鸟嘌呤和胸腺嘧啶摆弄出来的结果是错误的。多诺胡帮助他们明确了方向，将中心氢键上的氢原子放置在合适的位置上，推翻了他们原先设想的模型，促使他们走上了正确地解决问题的轨道。

克里克和沃森经过多诺胡的指点，开始认识到各对具体的嘌呤和嘧啶之间是由氢键自由地连接起来的：腺嘌呤连接胸腺嘧啶，鸟嘌呤连接胞嘧啶。这是最后的一道谜底，其结果闪耀着夺目的光彩。将一个大碱基与一个小碱基配对，不但使整个结构的骨架处于平稳的状态，而且为切加夫的发现提供了一种简单的解释。由此得到的结构犹如一架楼梯，各对碱基就是上面的一步步台阶，糖一磷酸骨架是框架，两者结合在一起，就能方便地形成符合X射线资料的螺旋。

这一种结构不但看上去很美观，而且其含意也非常丰富。两条链互为补充，每条链都是另一条链的镜像反射；将两者分开，每条链就可以作为形成一个新螺旋的基础，这个新螺旋与原来的螺旋完全相同。由此可以立即得到有关DNA复杂的思想，这是鲍林的模型无法做到的，因为在他的模型中，碱基都伸向外侧，彼此之间不相干。

3月12日，沃森致函德尔布吕克，借助于草图作说明，论述了他们设想的新模型。他再三要求自己这位导师不要把此事向鲍林透露，等到他们对这些结果更有把握时再说。但是，德尔布吕克向来就是嘴巴锁不牢的人，他马上就将此信到处让人传阅了。鲍林一面读着这封信，一面在头脑里进行着紧张的思考。他马上就认识到，在卡文迪什设想出来的这一种结构，不但在化学上是非常合理的，而且在生物学上也是十分迷人的。“两个嘧啶各自与相应的嘌呤在结构上互为补充，对这一简洁的想法我颇感意外——当然，这是令人欣喜的意外，因为它在遗传机理的问题上让人豁然开朗起来了，”他这样说道。鲍林还从中看到，自从他1940年与德尔布吕克一道写的论文发表以来，在他一直在思考和著述的一些问题上，已经有人在仿效他使用互补性概念。

亚历山大·里奇在第一次听到有关沃森一克里克结构的那一天夜里，他突然醒来，起身下床走进了办公室。他利用原来堆在那里的分子模型的部件，动手为沃森一克里克的双螺旋制作一个粗糙的模型。他了解到的唯一结论是DNA碱基应当穿过分子的中心，不过知道这一点已经足够了。他很快就将碱基配成了对，看来这个模型的确很漂亮，于是，他摇了摇头，又回到床上睡觉了。

鲍林尽管还不甘心在这场竞赛中认输，但在思想上受到了很大的触动。在读到沃森的信以后几天，他致函一位同事说：“当然，你应当承认，我们的结构还只是一种设想，它可能是正确的，但我们要有真正的把握，也许还得有两到三年的时间……”。几天以后，他收到了沃森和克里克论文手稿的单行本。文中批评了鲍林的DNA模型，结尾处对多诺胡给予的帮助表示了感谢。鲍林将此文从头至尾读了一遍，然后写信给他的儿子说：“我想，为核酸提出了两种结构，是一件好事，我期待着有一天能作出定论，到底哪一种结构不正确。毫无疑问，金斯学院的资料会在这两种结构中否定掉一种。”

此时，他仍未能看到富兰