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朗缪尔则在公开发表的文章中，以及在私下的场合，捍卫林奇的观点。他与林奇合作论文，带她和哈克参加会议——从鲍林本人的学生那里获得支持具有特别的意义——并劝说莫斯基，变性过程可能以接近环醇理论预言的步骤进行。在朗缪尔的帮助下，环醇理论起死回生了。

对于一种他相信是错误的理论给予如此多的关注，这令鲍林感到非常困惑和生气。这不仅偏离了对蛋白质真正问题的探索，而且是对鲍林氢键理论的攻击，对他作为蛋白质权威学者声誉的诋毁，对他自然观的挑战。他觉得是坚决给予还击并使之寿终正寝的时候了。

1939年初春，鲍林和尼曼合作了一篇论文，逐点对环醇结构的主要论据进行考证和反驳。他们用了好几个星期完成了这篇题为“蛋白质结构”的论文，发表在7月份的《美国化学学会学报》上。在鲍林对不同理论的攻击中，这篇论文的措辞是最激烈的。他们运用的主要武器是化学，特别是键能数据。鲍林认为这些数据清楚地表明环醇结构没有多肽链稳定，因而存在的可能性很小。单纯从能量角度出发，鲍林和尼曼写道：“我们经过严密的论证得出的结论是，环醇不可能是蛋白质的主要结构，即便存在这一结构（这种可能性不大，因为与多肽链相比，其能量处于劣势），在氨基酸残余物中具有这一结构的比例也不会超过百分之三。”（原文用不同字体强调了这一结论。）在讨论了他们认为林奇和朗缪尔在其他方面的主要矛盾和错误之后，鲍林和尼曼就蛋白质结构提出了他们自己的思想。与三年前莫斯基和鲍林发表关于蛋白质变性的论文相比，并没有太多新的内容：蛋白质是一条多肽链，由一些已知的环节联结成一定的形状，氢键、硫一疏键以及“类似的原了间的相互作用”夹杂在一起。一定的形状到底是怎样的，没有人知晓。唯一肯定能够排除的似乎就是环醇结构。

“蛋白质结构”一文具有毁灭性和立竿见影的效果。托德在读后写道：“我必须承认，读到鲍林和尼曼‘揭穿林奇真面目’的文章之后十分欣喜！是到了对环醇理论下定论的时候了，我相信至少这儿的所有化学家都会欢迎这一举动。就我看来，这一结论是无可辩驳的，我对林奇是否会作出某种反应怀有相当的兴趣。”

颇具讽刺意义的是，在鲍林和尼曼提交这篇论文前的几个星期，林奇决定放弃蛋白质的研究。由于伯纳尔和剑桥大学研究组的敌意所造成的伤害，她在1939年春天逃离英国，来到美国。她对韦弗说，她在胰岛素研究中得到的数据不够成熟，因而放弃了进一步的工作。鲍林和尼曼的论文发表的时机再糟糕不过了。林奇正在给自己谋求一个教职，给女儿寻找一个住所；为了保住自己的颜面以获得一份差事，她不得不奋起还击。她冲进《美国化学学会学报》编辑阿瑟·兰姆在哈佛的办公室，要求发表自己的反驳意见。兰姆解释说，他可以发表任何对事实的修正或是相关研究的新进展，然而刊物将不考虑发表陈词滥调。几个星期后，林奇送上了一篇长达21页的应战文章，一点一点地反驳了鲍林和尼曼的观点，最后的结论是：“对环醇假设持反对意见的人将论据建立在（由逻辑错误造成的）似是而非的事实基础上，他们的实验也是风马牛不相及的……或者是无足轻重的。”按照一般的程序，兰姆将林奇的手稿送给鲍林和尼曼，并要求他们对此作出评论，以供评阅的人参考。

鲍林和厄曼又逐段逐段地反驳了林奇的观点，言辞更为激烈：“……怎么也不能容忍这一幽灵在有机化学的文献中继续游荡，”“毫无理由让这一臆想老调重弹，”“我们看见的只是更多的希望，而不是事实。”兰姆将这些硝烟弥漫的文章送交两个仲裁人，然而他们的结论却大相径庭，兰姆只得把全部文章再送交给另外两个仲裁人。每一位读过这些文章的人都被论辩双方的尖刻措辞吓坏了；每个人的解决方案都各不相同。兰姆和一位仲裁人认为，在双方对最后一稿审阅之后，同时发表林奇的文章及鲍林和尼曼的回复；另一位仲裁人建议马上单独发表林奇的文章，然后结束这场论战；还有一位把这场论战比作是世界大战开战的信号弹，建议延缓这一过程以“给双方一个冷静下来的机会”。

接着，林奇发现鲍林和尼曼在对蛋白质形成所需能量的计算中有误差；纠正这一误差可以把链状结构和环醇结构之间的能量差异减少约三分之一。她在给鲍林的一封信中指出了这一点，然而鲍林回答说，这一变化微不足道，不会影响他们的结论，因此“我们认为不值得以书面形式改正这一