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自尊心受到双重打击的鲍林一头扎回到研究工作中。诺伊斯让他参与一个自己希望在有生之年实现的最后的大项目，创建一所生物有机化学研究院，并借此来抚慰鲍林的创伤。这个新的跨学科的研究团体将运用现代化学的工具来重新塑造生物学。他说，鲍林将是这一学院的学术领袖，可以获得新楼的整个一层楼面。其他教师将是世界上最优秀的学者，以后将陆续被聘用。更多场地和更高学术地位的承诺帮助鲍林克服了自己的失望情绪，一门心思地扑在工作上。

韦弗在1936年3月访问加州理工学院，他非常高兴地了解到鲍林在血红蛋白研究上取得了进展。当鲍林在晚餐上介绍自己对其他蛋白质研究产生了新的兴趣，说到自己的工作有可能有助于攻克癌症时，韦弗就更加喜不自禁了。

韦弗还拜访了明显衰弱的诺伊斯。诺伊斯强打精神，四方寻求资助，招兵买马，为扩建和装备生物有机化学学院作准备。韦弗对这一规划非常兴奋——这毕竟表明，他长期以来信奉的研究生物学的方法将被实现——他告诉诺伊斯，他将和理事会一起密切关注这一项目的进展。

诺伊斯对这个项目信心十足，况且他急切地想在自己离开人世前把一切都料理停当。他让鲍林充分地考查一下新学院的合适人选。这回倒是鲍林摆起了架子。他写信对诺伊斯说，最好围绕自己的研究进展向洛克菲勒基金提交一份详细的计划，然后再看看采取什么行动。诺伊斯迫不及待。他已经决定到梅奥诊所做一次结肠手术，这是他最后治愈癌症的机会。他很快将一份6页的提纲送交给韦弗，其中概括地介绍了有机化学的发展思路，并详细介绍了由私人捐助的拟建中的大楼。然后鲍林被派往东海岸寻访人才，这回他又扯起了诺伊斯的后腿。在纽约，他告诫韦弗说，他觉得诺伊斯“以他现在的状况，为了在有生之年作出一些成就，有些过于匆忙……”。鲍林仍然认为，不管系主任一职怎样有名无实，总归是他的。他不希望被一个垂危的病人作出的决定栓住手脚。他希望在时机到来时作出自己的决策。

他不用等待太久。梅奥诊所的手术失败了，5月，诺伊斯回到了帕萨迪纳。他躺在自己圣帕斯科大街住所的床上，女仆和一位长期的助手照料他。鲍林此时正忙于和莫斯基一起对蛋白质变性的论文作最后润色，在诺伊斯最后的几个星期中探望过他两回；谁也没有提及他继任系主任这个话题。

1936年6月3日，消息传遍了校园：亚瑟王过世了。

这标志着一个时代的结束。

诺伊斯的保守克制、温文尔雅和慷慨大度扎根于19世纪；他所遵循的是一种正在迅速消逝的生活方式，慢条斯理，知书达理，知足常乐。不会再让学生驾着老摩西出游，在研讨会上不会再有可可饮料，不会再有密立根在悼词中所称的诺伊斯的“美好性格”。不会再有诗歌。未来属于不那么浪漫、更加务实、眼明手快的鲍林式人物——20世纪的人。

诺伊斯在系里起到了协调的作用，这一点在他死后充分显露出来了。教师们在过去一年中积聚起来的敌意现在变得公开了。一些教师认为，鲍林即便是在诺伊斯重病期间也把他逼得很紧，还有人对韦弗说，鲍林“以一种毫无道理的，甚至是不可饶恕的方式来困扰和纠缠（诺伊斯），强迫他承担起不可忍受的化学系领导任务”，这甚至有可能加速了诺伊斯病情的恶化。托尔曼、迪金森和雷西这些老教授在给密立根的一封信中直言不讳地表达了同感，并“建议”暂时将鲍林提升为系主任——新近又重新确定了职责范围，几乎没有任何权力——这只是因为他的研究工作对加州理工学院至关重要，尽管“我们对鲍林教授是否完全适合这一岗位深表忧虑。……在一定程度上，我们怀疑他是否有能力来制定政策，是否能够慷慨、真诚地待人接物。”

这股反鲍林的情绪在诺伊斯的葬礼上表露无遗。荣誉扶棺者包括加州理工学院行政委员会的每一位成员，还有化学和化学工程系的每一位教师——唯独没有鲍林。鲍林对这种特殊做法感到狼狈万分，他找到密立根，要求知道为什么受到这样不公正的待遇。密立根声称自己毫不知情，说名单是化学系定的。

又一次侮辱接踵而至。葬礼后，正式宣布了系主任的任命——然而是托尔曼，而不是鲍林。这可能只是表示对前辈尊重的一种形式，因为托尔曼早就表明自己不堪此任，因此马上拒绝了，然而这实际上等于又打了鲍林一记耳光。

最后终于把系主任的头衔交给了鲍林，但是鲍林对于此等羞辱怒不可遏，拒绝接受。他不及考虑后果