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社布里奇让恩斯特·斯威夫特接替了鲍林的职务。这是一位相貌严肃、温文尔雅、出身于弗吉尼亚的化学家。他虽不大有名，但资格较老，曾对诺伊斯很崇拜，在鲍林手下时则一直是忍气吞声。按照斯威夫特的看法，鲍林牌生物化学和医疗化学“只不过是沽名钓誉”的货色，系里原先的学科重点都受到忽视。因此，他要以恢复学科的平衡为己任。为此，很快就成立了化学系系务委员会。这个委员会最早是在30年代根据诺伊斯的提议创立的，每一个化学分支学科都有代表参加，其中就包括长期受到鲍林冷落的物理化学和无机化学。此外，对实验场地也重新进行了安排，特别注意缩小鲍林这个摊子占用场地的面积。鲍林本人也从他的大型办公室搬到了较小的职工楼，他的工资则从系主任的18000美元降到普通教授的15000美元。

这是迎面打来的一记耳光。钱倒不那么重要——鲍林写书的稿酬在不断上升，已经超过他的工资了——但鲍林认为，这样做的方式实在让人丢脸。在他看来，杜布里奇并没有像他在公开场合标榜的那样要坚持言论自由，他在压力面前卑躬屈膝了。鲍林认为自己是因为政治观点而受到惩罚的。由此造成了这样的局面：鲍林和杜布里奇彼此之间已没有多大关系，两个人只是在一些社交场合还有那么一点接触。不过，在一般情况下，鲍林并没有公开流露出不满和被人抛弃的情绪。表面上，他装出了一副自我克制的样子，给人以这样的印象，也即发生的一切都是出于他自己的选择。他之所以这样做，因为他仍是加州理工学院一名优秀的战士，因为他仍然坚信小时候在俄勒冈学到的一条准则：整天怨天尤人，就不是真正的男子汉。

辞职这件事一刻也没有影响到鲍林争取和平的活动。他像往常一样，到处作演讲，每周两三次，可能是在中学里或本地的谈话节目中，也可以是在犹太人聚居区或本地反核团体的集会上。他仍在向医疗界和心理学界的各方面人士谈论自己在分子水平上研究精神病冶疗的想法，尽管到那时为止，他在这方面的工作还没有取得值得称道的成果。鲍林的名声已经够响了，他每天都要收到许许多多的来信。有些写信人请求鲍林帮助停止核试验。中学生请求他题辞，指导他们如何面对人生。也有些人征求他治病的建议，如何对付佝偻病、癫痫、抽烟、龋齿等。有人专门征集名人的签名，要求鲍林帮助他们实现自己的愿望。电视节目《埃勒莉皇后》的剧组曾致函鲍林，询问能不能将他的一些分子模型搬到灾屏上。一位心事重重的母亲来信说，因为存在着放射性尘埃和核灾难的危胁，她害怕生育更多的孩子。鲍林回信说，他非常乐观，将不再有战争。出版商来函请他写一部自传，鲍林说，只要找到时间，他一定写。也有一些信件他没有回复。有一封长信的字迹很潦草，洋洋洒洒写了好几页信纸，在一些关键词句下还画了红线。另有一封奇怪的来信，天花乱坠地吹嘘已经找到了医疗癌症的灵丹妙药，并且还有一些使人长生不老的祖传秘方。有一个家伙竟然异想天开，声称有办法培育一种母牛，从这种母牛身上挤出的牛奶含有更多的不饱和脂肪。另外还有一个人称发明了一种所谓的“联合科学”，能把宗教原子物理以及人类行为的研究综合在一门学科中。

鲍林不断地收到邀请信，要他去龙波克、圣约瑟、波特兰以及当地的小学里作报告。他还收到了访问巴西、古巴、一些非洲国家和保加利亚的官方邀请。看来，各种各样的和平组织、学术团体和医疗机构都希望他成为它们的名誉会员。

鲍林忙得不可开交了。一般情况下，他只能婉言拒绝，抱歉自己抽不出时间。他不再参加任何社团，特别是一些政治性团体。即使是健全核政策全国委员会，也无法说服他参加。这个组织的宗旨是充当各方面反对核试验人士的主要发言人，在50年代后期是很有声势的。鲍林曾经对这个组织的一次集会讲过话，但是，他对招募会员的人员说，他宁愿作为一名“不受任何团体支配的独立人士”开展自己的活动。

有时，荣誉是强加到他头上的。6月下旬，鲍林收到一封信，说他和国家科学院院长戴特列夫·布隆克一起，已被选为苏联科学院院士。他们是最早享有这一殊荣的两个美国人。鲍林心里很清楚，在苏联，很少有比“院士”头衔更高的荣誉了。他对新闻记者说，他“感到非常愉快和荣幸”。在另一方面，新闻媒体则提到，“在今天这个世界格局中，简单而又天真地忽视这一荣誉的政治含义，那是不可能的。”

然而，世界格局正从根本上发生变化。尽管特勒有很大的影响，原子能委员会遵循