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但是，在1952年这一年里，他在政治上的克制，并没有使他能生活得更加自在些。在他写信抨击黎巴嫩雪松医院董事长解雇李普曼的做法以后，这位董事长向杜布里奇反映了这一情况。杜布里奇将鲍林叫去训斥了一顿。鲍林为了平息杜布里奇的怒气，向他提醒道，这是他个人的行为，并非是公开的政治声明。鲍林的名字仍列在联邦调查局的治安监视名单上，洛杉矶的特工每天都要在《工人日报》上查看他的名字有没有出现。他们还通过安置在国家艺术、科学和专业人士委员会中的密探，监视鲍林在辛普曼案件中的一举一动，每隔六个月就向胡佛送一份完整的报告。1952年春天，鲍林的护照案已公之于众，一个联邦调查局密探就曾报告说，加州理工学院董事会又再次讨论了开除鲍林的问题，这一次他们考虑是否要中断合约，并且用他年工资4到5倍的金额作为校方向他支付的违约金。后来，他的护照签发下来了，这个方案也就搁置了起来。随后，快到年底时，布登兹在众议院调查慈善基金会的委员会公开指名道姓称鲍林是隐藏的共产党员——在沉寂了一年以后——鲍林的名字又在报纸的标题中出现了。

压力接踵而至。鲍林几乎已经完全中止了自己的政治活动，然而他的名誉却照样不断地受到攻击。既然是这样，再继续一声不吭又有什么意义呢？

艾森豪威尔竞选总统的活动刚结束，鲍林就在某些事情上打破了自己的沉默。他写了一封私信给即将离任的杜鲁门总统，请求他颁发行政命令宽恕罗森伯格一家人。鲍林相信，罗森伯格是在一次极其可笑的搜查原子弹间谍的行动中受到不公正指控和审判的。鲍林还在一些公开信上签名，要求废除1950年的国内安全法和史密斯法。1952年11月下旬，罗斯福新政的忠实信徒在当地的罗斯福俱乐部举行一次小型的集会，鲍林在会上发表了一篇演说，再次申述了他以前的左翼思想，要求当局采取宽容的态度，重新点燃了他埋在心底的火种。能有机会再次把心里话吐出来，他感到痛快极了。与会者中有一位家庭妇女，后来给鲍林写了一封信，使他特别受鼓舞。“您能站出来讲话，是一位真正的男子汉，请接受我崇高的敬意和诚挚的感谢，”这位妇女写道。“您在采取行动时表现出来的勇气，您在思考时显示出来的真诚——在大庭广众之中——是一件非常振奋人心的事。我相信，由您燃起的烛光必将普照到四面八方。”

在此之后，他又再次沉默了。事情很快就变得很清楚，艾森豪威尔执政初期的那些岁月，对于他那样的左派分子决非是翻身出头的日子。艾森豪威尔在反共方面似乎执意要超过杜鲁门。他任命了许多右派人士担任政府的要职，其中包括起用狂热反共的杜勒斯替代国务卿艾奇逊——此时，国务院这个部门仍然不断受到攻击，被人指摘为左翼分子同情者的一个堡垒。在艾森豪威尔的班子中，另外一个人是奥维塔·卡尔普·霍比，这个女人被任命为新的卫生、教育和福利部部长。她上任后，很快就扣发了共产党嫌疑分子亨受的联邦政府的资助。

霍比的高升给鲍林带来了直接的影响。1953年秋末的一天，他得到通知，其中没有任何详细的解释，他从美国公共卫生服务处取得的资助要停发——总数是6万美元，原本是用于对氧基聚明胶和蛋白质结构的研究。美国公共卫生服务处隶属于新设立的卫生、教育和福利部，霍比是部长。鲍林对取消资助一事百思不得其解，因而打了一个电话到该部要求提供有关的内情。

最后，他与一位持同情态度的经理取得了联系，这位经理建议他重新申请，不过得换一种方式。他对鲍林说，不要用多位作者（其中也包括鲍林）的集体名义申请大笔资助，而是用这些研究人员个人的名义将项目分割成一个个细小的课题，各自提出资助的要求。鲍林尝试了一下，一个课题借用了坎贝尔的名义，另一个课题用的是科里的名字。这两个课题马上就得到了资助——与要求相比，不但时间更长，而且提供的资金也更多。但是，鲍林在用自己的名义提出申请时，就再也没有下文了。

显然，鲍林并不是唯一上了卫生、教育和福利部黑名单的科学家。加州理工学院其他左翼学者的资助也被切断了，这就促使校方向华盛顿方面提出了警告：要是不