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大基础学科基本建立。其中，竺可桢创建的地学系和秉志创建的生物学系都是在国内大学中创办最早的。

1920年4月，时任南京高师校长的郭秉文提议筹建国立大学。1921年10月，国立东南大学正式成立，南京高师自此不再招生，待其学生全部毕业后即并入东南大学。1923年6月，南京高师正式并入东南大学。此时的东南大学已颇具规模，共设5科28系，学科之全堪称全国之首。全校共有教职员200余人，学生1600人，年经费40余万。这一时期的南京高师和东南大学可谓名师云集，文科有刘伯明、汤用彤、杨杏佛、柳诒徵、楼光来、吴宓、梅光迪等；理科有任鸿隽、胡刚复、竺可桢、熊庆来等；教育科有陶行知、陈鹤琴、孟宪承等；工科有茅以升、涂羽卿、沈祖玮等；商科有李道南、潘序伦、孙本文、胡明复等，以至于当时有“北大以文史哲著称，东大以科学名世”的说法。

国立中央大学时期

1927年，国民政府颁布“大学区制”。于是，国立东南大学与河海工科大学、上海商科大学、江苏法政大学、江苏医科大学及南京工业专门学校、南京农业学校、苏州工业专门学校、上海商业专门学校被合并成国立第四中山大学，全校共设9个学院。1928年2月，国立第四中山大学改称江苏大学。同年5月，又改名为国立中央大学。

1928年8月，中央大学调整院系设置，改设文、理、农、工、教育、商、法、医等8个学院、40个系科，学制4年（医学院7年）。当时全校共有教师290人，在校学生1838人。

1932年8月，曾任清华大学首任校长的罗家伦被任命为国立中央大学校长后，中央大学获得稳步发展。经过调整扩充，中央大学拥有文、理、法、教育、农、工、医7个学院、34个系。经济学家马寅初、美术大师徐悲鸿、农学家金善宝、天文学家张钰哲、化学家袁翰青、医学家蔡翘等都曾受聘于中央大学。

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南京大学（2）

1937年七七事变后，中央大学西迁。12月初，文、理、工、法、农、教育等学院在重庆沙坪坝松林坡开学，医学院及农学院的畜牧兽医系建在成都华西坝，其实验中学则建在贵阳。

1938年12月，中央大学研究院成立，设理科、法科、农科、工科4个研究所（并于次年9月正式招生）。同年，改教育学院为师范学院，增设国文、英语、数学、理化、博物、史地、公民训育系和童子军专修科；工学院增设航空工程系和水利工程系；农学院增设畜牧兽医专修科；医学院增设6年制牙科，并与牙医专科学校合办牙医门诊部；1941年恢复社会学系，研究院增设文科和医科研究所。

1945年8月，抗战胜利，著名物理学家、南京高师毕业生吴有训出任中央大学校长。11月1日，中央大学在南京原址复校。此时的中央大学学生人数已近5000人，不仅包括随校回迁和当年新招的学生，还有沦陷区中央大学（汪伪政府1940年举办，1945年停办）的插班生，以及来自印度、巴基斯坦、土耳其和朝鲜的留学生等，规模大大超过了战前。至1947年，中央大学已拥有7院41系、23个研究机构。1949年1月，国民政府决定将中央大学迁往台湾，遭到进步师生的坚决反对。

金陵大学

南京大学的另一源头是国内一所著名的教会大学——金陵大学。金陵大学的前身是美国基督教会美以美会于1888年在南京创办的汇文书院，当时书院设有文科、医科和神科，另设中学部称成美馆。1910年，宏育书院并入汇文书院，按照大学建制成立了金陵大学。

金陵大学最初设有文科、师范专科、华言科及附属中学。1913年，金陵大学和司徒雷登等人创办的中国东方医科大学合并，确定了我国最早的7年制医学教育（预科2年、正科5年）。1914年，金陵大学创办了中国最早的4年制农学本科，次年又添设林科。1916年合并农科、林科为农林科，成为我国高等学府农林教育的先驱。1921年改文科为文理科，增授理学学士学位。到1923年，金陵大学的文理、农林两科共设13个系、3个专修科，在校学生500多人。

1930年，金陵大学改文理科为文学院和理学院，农林科为农学院，同时成立中国文化研究所。1935年，又设立了文科研究所史学部、理科研究所化学部、农科研究所农业经济学部，基本奠定了金陵大学“江东之雄”的基础。