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爱因斯坦也许只是出于对新闻记者的敷衍才这么说的，但是如果要进行精确的数学计算，鲍林对化学键的解释确实是相当复杂的——至少对绝大多数化学家来说是这样。从传统、数学或是哲学的角度来讲，化学家对鲍林的理论都感到茫然不解。那时候的化学仍然是扎根于上一世纪的许多分支学科的大杂烩——有机化学，无机化学，物理化学，胶体化学，农业化学——每一门分支都有自己的一班人马和一系列难题。化学家们被分成离子学家、热力学家，现在又新添了量子化学家，每一个团体都有自己的传统、方法、期刊，每年只是在几次全体会议上才坐在一起。在美国，只有受诺伊斯影响的加州理工学院和加州大学伯克利分校的化学系才跨越了这些旧的学科限制，强调在教授之间进行交流和沟通，并致力于研究化学学科的基本思想。

1931年，鲍林基于量子理论创造的化学键理论，比当时的思想领先了十年。绝大多数化学家既不知晓量子力学为何物，也不理会量子力学对化学学科的重大意义。对大多数从业人员来说，真正的化学研究是在实验室里，而不是在一张纸上进行的；只有通过亲手配制化合物，并观察其反应来作出发现，而不是靠臆想来推出一些数学公式。他们可能听说过X射线晶体学这一物理学家的工具，但是从未使用过——加州理工学院仍然是将这一技巧运用到化学上的为数不多的学校之一。至于鲍林对分子结构重要性的强调，那是有机化学家所关心的事，其他领域的化学家则相信它对整个化学学科的作用不大。

最重要的是钻进实验室，把你的手弄脏。实验化学家鄙视鲍林这样的理论家，认为他们过多地依赖物理来获取灵感。英国著名的化学教育家亨利·阿姆斯特朗在90年代中期对此发表了颇具代表性的看法：“事实是，物理化学家从不运用自己的眼睛，最可悲的是缺乏化学教养。我们应该把这些物理因素彻底地从我们中间剔除出去，并回到我们的实验室中。”

只有他们对新物理的无知才可以同他们对抽象思维的怀疑相媲美。多数30年代早期的化学家对海特勒一伦敦一斯莱特一鲍林化学键理论的反应是无精打采的一个哈欠。在诺贝尔化学奖获得者哈罗德·尤里的记忆中，他们“对这一理论一无所知，一窍不通，而且除鲍林以外，没有什么人在意它。”

但是诺伊斯和路易斯安排鲍林在加州理工学院和伯克利分校广泛传播他的思想，那里的多数化学系学生开始认识到这一方法的重要性，其中最聪明的一些学生开始追随鲍林，进入了这一领域。在物理方面，像斯莱特和伦敦这样的学者继续修饰着混合波函数的数学公式，从物理的第一原则出发来解决简单原则的结构问题。然而他们的工作对化学的影响甚微，因为他们并不掌握化学家手中非常重要的经验事实，并不拥有相同的世界观，也不了解哪些问题是最关键的。简而言之，他们不是化学家。

罗伯特·马利肯是为数不多的通晓物理和化学的科学家。他的父亲是麻省理工学院的化学家，他本人在芝加哥大学跟随密立根学习了物理，在哈佛进修时住在斯莱特隔壁。与鲍林一样，他在20年代末东渡欧洲学习量子力学。在哥廷根，马利肯受到了玻恩的一位助手弗里德里希·亨德的影响。亨德解决化学键问题的思路与鲍林不同。亨特感兴趣的是分子光谱学，即对分子吸收和释放的光的特点的研究。他发现，从这一角度观察，分子的性态在很多方面与单个原子相似。亨特和马利肯提出了一种与鲍林的理论截然相反的化学键概念。他们认为，电子并不是集中在两个原子核之间并将它们键合起来，而是分布在分子的表面，形成马利肯所称的分子轨道。比如，他们设想氢分子H2，并不是像海特勒和伦敦提出的那样由两个氢原子共用电子对而形成化学键，而是由一个带有两个电子的氦原子分裂成两个原子核，同时围绕它的电子云形成了一个新的分子轨道。马利肯在1932年写道：“总的来说，没有人把分子看作是由原子或离子组成的。人们认为，把分子看作是由一定数目的成键电子或电子对将一些原子或离子联结在一起的想法，在某种程度上是没有什么意义的。”这是一种非常激进的思想；分子轨道概念同多年来化学家对化学键本质的认识针锋相对，然而，它符合光谱数据。马利肯回到美国芝加哥大学教书时，把这一思想也带了回来。

在一段时间里，化学家似乎不得不在鲍林和马利肯的不同理论中作出自己的取舍。但是从根本上看，两