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，匆匆地给密立根写了一封简短而直率的拒绝信。他在信中写道，新的系务委员会结构意味着他要在没有实权的情况下承担责任。提议的7500美元的工资也太低。他需要学校作出支持化学系的承诺。而且，他希望得到的不光是系主任的头衔，还有诺伊斯的另一个头衔，盖茨实验室主任。他在8月10日把这封信交了上去，然后带着全家上俄勒冈度假去了。

两星期后，他回到学校。在给朋友的一封信中他写道：“我们的化学系仍是一团糟，恐怕在一切走上正轨之前我们还要碰到许多麻烦。”密立根原以为诺伊斯的死会让鲍林幡然悔悟，欣然接受系主任的任命；鲍林信中的语气让他大惊失色，他拒绝把这封信交给行政委员会。这封信正是他对鲍林担心的明证：他太年轻，太缺乏经验，难以担当系主任的重任。太容易采取“独裁”的手腕。密立根拒绝给鲍林任何答复。

鲍林和“长官”继续沉默地对视着，过了整整两个月，鲍林才眨了眨眼睛。在11月份，他再次要求密立根告诉他将会发生什么。密立根冷若冰霜地回答说，他在等待鲍林提出能使自己“满意”的机构改革计划。

即便他们之间进行了谈判，也没有获得任何成果。1937年新年过去了，化学系仍然没有系主任。

韦弗在自己纽约的办公室里关注着事态的发展。他越来越不耐烦，决定采取行动。诺伊斯的生物有机化学资金已经启动；韦弗认为鲍林和一个顶尖的有机化学家合作能够完成大事，而且他也希望这笔资金能够产生效果。加州理工学院现在的恶劣环境让什么事都变得复杂了。尽管他深知鲍林缺乏团队精神——他认为，鲍林在8月份将那封拒绝信交给密立根时，密立根应该好好“打他的屁股”——他仍将鲍林视作自己在加州理工学院计划中的关键人物。

韦弗在1937年1月乘火车来到帕萨迪纳进行协调。他发现局势比他担心的还要糟糕。鲍林和密立根切断了彼此之间的所有联系。密立根本人开始管理生物有机化学资金，尽管他对此一窍不通。鲍林则高傲地呆在一边，等待着对他有利的决定。

韦弗首先和鲍林坐下来谈。有个能够理解自己的人来听自己的牢骚，鲍林把郁积在心中的话一股脑儿都倒了出来。他说，他担心不能很好地平衡自己在学术和行政上的时间。看看诺伊斯的情况——他事无巨细地处理着学院的事务，而本人在实验室里却没有搞出任何有价值的成果。系主任在新的系务委员会制度下不过是一个傀儡，没有决策权，却要为那些不是自己作出的决定接受旁人的洁难。而且在一些他本人就可以处理的小事上，他也需要浪费大量时间与委员会商量。鲍林还说，他对于不给他实验室主任一职极为不满，因为尽管对外人来说似乎这无关紧要，但是在他领域里的其他科学家眼中，这个头衔具有实际的重要性。工资问题也相当重要，因为他现在的收入比其他系主任的工资要低得多。

韦弗觉得鲍林的话有理有据，他开始对这位青年学者产生了一种新的敬重。接着，鲍林又让韦弗看了自己在8月10日写的拒绝信，要他坦率地说出自己的看法。韦弗读了一遍，说这封信“语调生硬，甚至有些厚颜无耻”。他告诉鲍林，与行政委员会的成员相比，他还太年轻；提他为系主任表明理事们对他非常信任，可以说是对他的一种恩赐。他的答复不仅没有感谢这种荣誉，而且没有给出他这一决定背后的理由。看上去似乎鲍林把系主任一职又扔回到他们的脸上。这是一种羞辱。所以毫不奇怪，他们让他干等着。那天晚上，韦弗在日记中写道：“鲍林似乎心说诚服地接受了我的批评，并沉痛地表示自己犯了一个大错。”

在教训了一方之后，韦弗开始和另一方理论，告诉密立根鲍林的忧虑以及对化学系的计划。他说，这个年轻人在长时间的等待中仍保持了清醒的头脑，这难能可贵，而且鲍林对于洛克菲勒基金是十分重要的。他请求密立根能够理解。

在韦弗回到纽约之后，密立根和鲍林开始对话，意在确定一种双方都能够满意的体制。在诺伊斯去世几乎一年后的4月份，鲍林将好消息通知了韦弗。“在与您谈话之后，我找到密立根教授，决心消除我们之间的隔阂。我们没费什么功夫就达成了共识，我相信每个人都会满意的。”鲍林当然是满意的。他将保留系主任和系务委员会主任的头衔，他的工资将提升到9000美元。

在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛