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究委员会紧急设立了一个项目，旨在开发廉价、可靠的人造血浆替代品。鲍林由于在血红蛋白和抗体的研究上积累了丰富的经验，因而赢得了这一项目。他拉起了一支队伍，其中包括阿迪斯，由他负责测试肾脏对人造血浆的清除率，还包括免疫学专家坎贝尔。他们共同尝试了许多化学方法，试图制造出能够骗过肌体的人造血浆。他们一直没有任何进展，直到鲍林想出一种化学方法，改变了动物胶的性质，使它不仅能够模仿血浆的一般特性——其浓度和粘度——而且成本低廉，易于储藏。他将这一方法称为动物胶氧化法。在志愿人员身上进行的早期试验相当成功，鲍林为这一配方申请了专利，并无偿提供给政府使用。他通过各种媒体广泛宣传了这一发现，公开宣布了他的成功，并收集了全国各地电讯稿的剪报。由于这一配方中分子大小的差异极大，政府拒绝批准动物胶氧化法，这令鲍林十分失望。接着在1943年，整个血浆替代品的项目下马了，因为已有众多的志愿人员纷纷捐献出真正的血浆。

“在医药史上第一次……”

到了1943年，鲍林的化学和化学工程系完全变了一个样：托尔曼去了华盛顿，尼曼研究着化学战，布赫曼和科普弗利试图合成抗疟疾药，卢卡斯研究塑料，雷西专攻火箭项目。所有学生几乎都上了战场，代替他们的是进修炸药或者火箭课程的军事人员。鲍林在1943年给一位朋友的信中写道：“这里的事情确实发生了巨大的变化。我们试图将讨论会继续下去，但是很难找到合适的题目。”许多研究课题都被列入了保密的范围。

在洛克菲勒基金会，韦弗和他的同事不安地注意到他们提供给鲍林的经费开始流向战争研究项目。由于科里和休斯将他们的注意力转向炸药和推进剂的研究上，最近一大笔经费资助的蛋白质问题被搁到了一边，而且有机化学项目大多也停顿了下来。

只有鲍林对于免疫学的研究未受到影响。由于这一项目对战争有着较为直接的作用，鲍林得以在华盛顿的支持下继续他的基础研究。鲍林个人对于这一领域的兴趣也日益浓厚。他甚至在多年以后重新开始涉足实验室，让坎贝尔教他如何给兔子接种，如何设法产生抗体凝结的反应。由于加州理工学院尚没有动物试验设施，鲍林在自家车库附近建起了一个五十只兔子的免窝，派小莱纳斯和彼得喂养和打扫。每天清晨去学校之前，他会给兔子注射抗原，有时还会亲自放血，收集抗体。

“我十分高兴地向您汇报，我们的免疫化学工作进展十分顺利，”鲍林在1941年年末给韦弗写信说。他的下一个目标是证明每个抗体分子有两个键合点，正如他在1940年关于抗体形成过程的论文中提出的那样，为此他设计了一种聪明的办法。兰德施泰纳将一个经过选择的有机分子和一个蛋白质结合在一起，完善了制造合成抗体的技巧；这样就可以根据已知的结构来培养抗体并进行研究。鲍林叫自己的助手制作了一系列这样的合成抗体，每一个蛋白质分别和一个、两个或三个同样的有机分子相结合。将这些有机分子培养出来的抗体进行各种反应，并对形成的合成物中的抗原和抗体的比例进行分析，他就能够估算出每个抗体分子到底与多少个抗原结合到了一起。研究结果有力地表明，正如他预言的那样，抗体是二价的，同时和两个抗原联结。他还发现，似乎抗体分子的两头能够与不同的抗原相结合，这又支持了抗体形成的模板理论。

但是，最令人激动的消息是，坎贝尔在1941年末成功地制造出了人造抗体。根据鲍林1940年论文中提出的理论，血液中任何一种球蛋白在变性之后都会形成一种特定的抗体，这样就能在某一抗原周围重新成形。鲍林在11月给韦弗的信中激动地写道，这正是坎贝尔对牛肉球蛋白进行试验得出的结论。他说，这标志着世界上首次人工合成了抗体。鲍林在信的结尾轻描淡写地说道，“我觉得在试管内合成抗体可以被认为具有相当的重要性。”实际上他认为这项发明相当重要，完全可以申请专利，不过他并没有将这一点告诉韦弗。

不过，坎贝尔的试验并没有像鲍林说的那么确定。坎贝尔制造出的东西只是有些像抗体——至少在他的手里，这种蛋白质确实能够专一地和一种目标抗原相结合——但是从牛肉球蛋白中得到的这一产品的产量很低，而且不稳定。在最理想的情况下，鲍林所称的“制造出来的抗体”中只有八分之一能够与抗原结合。而且抗体和抗原之间的结合力也比自然抗体要弱，沉淀物中抗体和抗原的比例也要低得多。

然而，这一切都可以用合成技巧的不完善