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要成为一名牧师，就得毕业于大学神学系。可是查理已把他在别特列尔学校所学到的那些古典语忘得一干二净。因此在入学之前，他不得不温习一下这方面的知识。

根据剑桥学院注册的记载，他于一八二七年十月十五日被录取为低年级寄宿生，受绍乌老师的指导。不过根据他本人的回忆，他只是在第二年初才最终进入剑桥。

这位被查理称之为“人们当中最聪明的人”的达尔文医生有一点是不理解的，这就是自然科学本身仍是儿子生活中最感兴趣的东西，实际上查理没有能够使自己认真地去学习神学，正如他未能认真地学习医学一样。在爱丁堡如此，在剑桥还是如此。不过这时的查理岁数大了一些，他能够约束住自己，不想让父亲生气。他不是循序渐进地进行学习，而是长期不上神学课、语文课和数学课。但是一到考期临近，他就迫不得已地把自己的甲虫放到一边，着手准备功课，参加考试。考试完后他感到很轻松，便又暂时扔下必修课，转到他那些心驰神往的兴趣上来。

例如，他在一八二九年七月十八日写给堂兄福克司的信中叙述了一系列关于向昆虫学进军的计划，谈到了所谓小规模学位考试问题。信的语气发生急剧的变化，他告诉福克司，传说在即将到来的考试中要对六个人（他是其中之一）特别严格，谈完这一点后，他大声疾呼：“鬼才知道等待我们这些懒人和昆虫学家的会是什么！”不难断定，这些“昆虫学家”（当然暗指他自己）对于应该考试的那些科目是特别懒的。但是，当他顺利考完试后，他又是感到多么高兴啊！他于一八三○年三月还是给这位福克司写信说道：“我考试及格了，及格了、及格了！我可以把整张的纸都写满这个令人愉快的字眼。……那些主考人是够严格的，他们提了很多的问题”。接着谈到他将在何地如何蒐集昆虫的计划，他要在伦敦听一出歌剧，将和朋友们消遣一番。看来他考试完后就再也不去关心神学了。另一方面，他对他所选择的前途是否正确越来越感到怀疑。他的一位剑桥同学赫伯特在回忆他时写道：“我们曾经严肃地谈论过成为一名牧师的计划。达尔文问我，我能否肯定地回答出主教向牧师提出的问题：您是否相信，您的内心受到了圣灵的激励，等等。我回答说我不能，他说：”我也不能，所以我不能当牧师‘“。

但是，当达尔文在剑桥的最后一年准备学士学位的考试时，他开始稍微学习了一下数学（他仍象以前一样对几何感兴趣，代数学得很差）和古典作品，并高兴地熟悉了柏利的《基督教教义证验论》、《伦理学》和《自然神学》。那时他并没有钻研柏利所根据的前提，就信以为真。但他喜欢那一长串的结论和从这些前提中借以引出后果的逻辑。根据剑桥地方报的报道，达尔文在一八三一年五月通过了学士学位的考试。

年青的达尔文是一伙十分快乐的年青人中的一个，他们组成了一个俱乐部，俱乐部的成员每周聚餐一次。达尔文在回忆这些聚餐的情形时说：“我们时常饮酒过度，随后还兴高彩烈地唱歌和玩牌……我知道我应当对这样地消磨光阴感到惭愧，但是，因为我的一些朋友们都是些非常可爱的小伙子，所以我们大家也就尽情地玩乐，直到现在一想起这段时光就感到高兴。”这些朋友中有许多人都是体育爱好者，所以对射击、打猎和骑马旅行的爱好，便使达尔文和他们更加接近起来。

约翰·毛里斯·赫伯特是这伙人中一个，后来他在威尔士当了一名法官，在他年事已高的时候，他还十分亲切地把查理称为同学。他说：“这是一位极其亲切、热情和宽宏大量的朋友，人们都用最亲热的态度对待他。他同情一切美好和公正的行为；他从内心里憎恨一切虚假的、卑鄙的、残酷的、庸俗的和不诚实的行为。”

达尔文性格开朗，象在爱丁堡时一样，在这里他也结交了许多同年朋友。例如，他同自己同学中的一位优秀的数学家维特莱非常要好。剑桥有个习惯，就是把数学考试的优等生造出一份专门的花名册。花名册叫作“荣誉学位考试”名单，列入花名册者被叫作“数学学